Zasady monitoringu wód podziemnych określone są w Rozporządzeniu Ministra Środowiska z dnia 19 lipca 2016 r. w sprawie form i sposobu prowadzenia monitoringu jednolitych części wód powierzchniowych i podziemnych (Dz. U. 2016  poz. 1178). Monitoring operacyjny jednolitych części wód podziemnych prowadzony jest w celu oceny stanu jednolitych części wód podziemnych uznanych za zagrożone niespełnieniem określonych dla nich celów środowiskowych oraz stwierdzenia występowania znaczących i utrzymujących się trendów wzrostu stężenia zanieczyszczeń spowodowanych oddziaływaniami antropogenicznymi. Monitoring operacyjny prowadzi się w Polsce przynajmniej raz w roku, z wyłączeniem roku, w którym prowadzony jest monitoring diagnostyczny stanu chemicznego jednolitych części wód podziemnych.  Od momentu wprowadzenia projektu monitoringu wód podziemnych w 2006 r., monitoring operacyjny przeprowadzono w latach 2008, 2009, 2011, 2013, 2014, 2015. Ilość punktów opróbowanych w ramach monitoringu operacyjnego – 395,  dwóch seriach pomiarowych (seria wiosenna i jesienna).