Zasady monitoringu wód podziemnych określone są w Rozporządzeniu Ministra Środowiska z dnia 15 listopada 2011 r. w sprawie form i sposobu prowadzenia monitoringu jednolitych części wód powierzchniowych i podziemnych (Dz. U. Nr 258 poz. 1550). Monitoring operacyjny jednolitych części wód podziemnych prowadzony jest w celu dokonania oceny stanu chemicznego wszystkich JCWPd uznanych za zagrożone niespełnieniem określonych dla nich celów środowiskowych oraz stwierdzenia obecności długoterminowych tendencji wzrostowych stężenia wszelkich zanieczyszczeń pochodzenia antropogenicznego. Monitoringiem operacyjnym objęte są te JCWPd, które zarówno w procesie wstępnej oceny stanu chemicznego (wykonanej w 2005 r.) jak i kolejnych zostały uznane za zagrożone nieosiągnięciem dobrego stanu w 2015 r. lub są o stwierdzonym słabym stanie chemicznym lub/i ilościowym. Monitoring operacyjny prowadzi się w latach pomiędzy monitoringiem diagnostycznym a jego częstotliwość może być raz lub dwa razy w roku. Zgodnie z harmonogramem Państwowego Monitoringu Środowiska 2010–2012, monitoring operacyjny przeprowadzony został w latach 2008, 2009 i 2011, a kolejna tura planowana jest na rok 2013. Ilość punktów opróbowanych w ramach monitoringu operacyjnego - ok. 300.

Zbiornik wód podziemnych to zespół przepuszczalnych utworów wodonośnych o znaczeniu użytkowym, którego granice są określone parametrami hydrogeologicznymi lub warunkami hydrodynamicznymi oraz warunkami formowania się zasobów wód podziemnych. Baza Danych Głównych Zbiorników Wód Podziemnych (GZWP) zawiera klasyfikację GZWP według wykorzystania zasobów, stopnia przeobrażeń antropogenicznych, odporności na zanieczyszczenia, ekonomicznego aspektu zaleceń ochronnych oraz wskaźników opłat wodnych.